Dauerausstellung und Aquarien
Der Schwerpunkt der Dauerausstellung liegt auf den Fossilien der Solnhofener Plattenkalke, die durch die intensive Steinbruchtätigkeit in der Region zutage gefördert worden sind.
Die Versteinerungen ermöglichen eine Zeitreise in eine rund 150 Millionen Jahre alte tropische Insel-, Riff- und Lagunenlandschaft, die von Fischsauriern und Krokodilen, Korallenfischen und Krebsen, und in der Luft darüber von Insekten und Flugsauriern bevölkert war. Zu den eindrucksvollsten Fossilien gehören das weltweit einzige Exemplar des Raubdinosauriers Juravenator und das Eichstätter Exemplar von Archaeopteryx. Es ist das einzig vollständige Original des berühmten Urvogels, das in der Fundregion verblieben ist. Auch ein weiterer Urvogel ist im Original zu sehen: Alcmonavis, der „Altmühlvogel“, der schon besser fliegen konnte. Von diesen Stücken ausgehend erzählt der Archaeopteryx-Saal erzählt die Geschichte der Vogelevolution von gefiederten Raubdinosauriern bis zu den modernen Vögeln.
Die Ausstellung zeigt auch andere Flugkünstler der Tierwelt. Flugsaurier waren die eigentlichen Könige der Lüfte über dem Jura-Meer. Die besten Fossilien stammen aus der Region Eichstätt. Das prominenteste Ausstellungsstück ist das Collini-Exemplar, der erste jemals gefundene Flugsaurier. Rekordverdächtig ist aber auch ein Skelettmodell eines kreidezeitlichen Flugsaurierriesen, das mit elf Metern Spannweite gerade eben in den Ausstellungsraum passt. Geradezu winzig sind dagegen die Fledermäuse. Diese agilen, nachtaktiven Säugetiere sind Neulinge im tierischen Fluggeschäft, während ihre Beute, die fliegenden Insekten bereits 325 Millionen Jahre Flugerfahrung hinter sich haben!
Weitere Ausstellungseinheiten stellen die Lebensräume der fossil erhaltenen Tiere und Pflanzen der Jurazeit vor und zeigen, wie das marine Ökossystem im Jura-Meer funktionierte. Der zweite Turmraum des Museums ist der Forschungsgrabung Ettling des Museums gewidmet und präsentiert besonders schöne aktuelle Funde.
Eine ausgefeilte und aufwendige Wassertechnik steht hinter dem wunderbaren Mikrokosmos der Schauaquarien des Jura-Museums. Prächtige Riffkorallen, farbenfrohe Korallenfische und „Lebende Fossilien“ wie Pfeilschwanz und Knochenhecht sind ein lebendiges Modell der bunten Vielfalt von Meeresbewohner, wie es sie zur Jura-Zeit in der Eichstätter Region gegeben hat. Gleichzeitig sind die Korallenaquarien ein Fenster zu einem der artenreichsten aber auch am meisten gefährdeten Lebensräume unserer Erde.